バイオトイレ導入を賢く支援！補助金・助成金徹底ガイド

2025年2月22日2026年8月15日

バイオトイレの購入費そのものを直接補助する、全国共通の国の制度は見当たりません。 実務で費用の裏づけになるのは、国土交通省の直轄工事における「快適トイレ」の費用計上（上限57,000円／基・月）と、山小屋や観光施設など用途を限った補助制度です。

しかも快適トイレの通知は2026年2月27日に改正され、2026年4月1日から新しい取り扱いが適用されています。旧通知は2026年3月31日で廃止されました。古い情報のまま積算すると金額を取り違えます。

この記事では、2026年8月14日時点で一次情報を確認できた制度だけを、出典付きで整理します。

先に結論

快適トイレ（国交省・直轄工事）… 上限 57,000円／基・月。ただし購入補助金ではなく設計変更時の費用計上
山岳環境保全対策支援事業（環境省）… 山小屋等の「環境配慮型排水・し尿処理施設」が対象。2026年度の受付は終了
観光庁・農水省の交付金 … トイレは対象例に含まれるが、バイオトイレ単体ではなく施設整備と一体が前提
自治体の制度 … 全国一律ではない。山梨・長野・岐阜のように実在する制度を個別に確認する

この記事は制度の一般的な説明です。 個別の案件が補助の対象になるかどうかは、事業の内容・時期・地域によって変わります。申請の可否は必ず所管の窓口へ直接ご確認ください。 公募期間を過ぎている制度も含みます。

快適トイレとは何か（バイオトイレの費用計上で最も実務的な仕組み）

国土交通省は、建設現場の労働環境を改善するため、一定の仕様を満たすトイレを「快適トイレ」と定め、直轄工事において原則設置としています。平成28年度に標準仕様が定められました。

ここを誤解しないでください。快適トイレは購入費を配る補助金ではありません。 工事の設計変更時に、かかった費用を共通仮設費へ計上できる仕組みです。

2026年4月1日から新しい通知が適用されている

現行の根拠は次の通知です。

現行の根拠通知（2026年8月14日時点）

「快適トイレの導入について」国技建管第10号（2026年2月27日発出）

> 本通知は、令和8 年4 月1 日以降に入札契約手続きを開始する工事から適用する。

> 「快適トイレの導入について」（令和2 年3 月24 日付け国技建管第33 号）は、令和8 年3 月31 日をもって廃止する。

出典：国土交通省大臣官房技術調査課（PDF）

旧通知（令和2年3月24日付）はすでに廃止されています。 2026年3月以前の解説記事を参照すると、後述する金額と基数の扱いを間違えます。

費用はいくら計上できるのか

上限は 57,000円／基・月 です。ただし実費がそのまま出るわけではありません。

計上額の決まり方

> 快適トイレの費用は、57,000 円／基・月を上限に「積算上の差額」※１を計上するものとし、設置基数は、現場毎に必要性を協議の上、決定する。 > ※１：「積算上の差額」とは、実際にかかった費用から10,000 円（従来品）を除した額。

つまり 「実費 − 10,000円」と「57,000円」を比べて、安いほうが計上額になります。

実費が月70,000円の場合 → 差額60,000円 vs 57,000円 → 57,000円
実費が月40,000円の場合 → 差額30,000円 vs 57,000円 → 30,000円

出典：同通知別添２

2026年度の改定で変わった2点

令和8年度の積算基準改定資料に、変更点が明記されています。

スクロールできます

	令和2年度（旧）	令和8年度（現行）
快適トイレの上限額	51,000円／基・月	57,000円／基・月
基数の上限	男女別で1台ずつ計2台まで	上限なし（現場ごとに協議して決定）
ハウス型トイレ	102,000円／基・月という区分	入口が別なら入口ごとに57,000円／基・月まで

> 最新の調査実態を踏まえ、上限額を見直すとともに、更なる現場環境改善の推進の観点から、上限基数を撤廃。（設置基数は、現場毎に必要性を協議の上、決定）

出典：国土交通省令和8年度積算基準改定資料（PDF）

基数上限の撤廃は、規模の大きい現場ほど効いてきます。

バイオトイレは快適トイレになるのか

なり得ます。必須仕様の2番目に、し尿処理装置付きが明記されているためです。

> （２）水洗及び簡易水洗機能（し尿処理装置付き含む）

ただし条件があります。

「バイオトイレだから快適トイレ」ではありません。 必須の11項目をすべて満たす必要があります。

> 備えていないトイレは、快適トイレとして扱わないこととする。

必須11項目は、洋式便器／水洗・簡易水洗機能（し尿処理装置付き含む）／臭い逆流防止機能／容易に開かない施錠機能／照明設備／耐荷重5kg以上のフックまたは棚／男女別の明確な表示／入口が直接見えない工夫／女性用サニタリーボックス／鏡と手洗器／便座除菌クリーナー等の衛生用品。

導入予定の機種がこれらを満たすか、メーカーに仕様書で確認してください。

手続きの流れ

STEP

当初は計上しない

> 快適トイレに要する費用については、当初は計上していない。当初設計に金額は入りません。

STEP

仕様を示して監督職員と協議する

必須11項目を満たすことを示す書類を添付し、規格・基数の詳細を協議します。監督職員が資料で確認できた場合に費用計上の対象になります。

STEP

精算変更時に見積書を提出する

> …精算変更時において、見積書を提出するものとする。変更契約時に計上されます。運搬・設置費は共通仮設費（率）に含まれ、上限を超えた分は別途計上されません。

国の補助制度（2026年度に確認できたもの）

用途を限った制度の中で、対象になり得るものを挙げます。

環境省「山岳環境保全対策支援事業」

国の制度でバイオトイレに最も直接的なのはこれです。

所管：環境省自然環境局
対象：国立・国定公園内等の条件不利地にある民間山小屋等
対象設備：環境配慮型排水・し尿処理施設の新設・増設など
補助率：公募要領で確認してください（本記事では原文を確認できていないため数値を記載しません）
2026年度の募集：2026年1月26日〜3月19日（受付は終了しています）

地域協議会の推薦が必要で、一般登山者にも開放する公共性が求められます。

観光庁「地域資源を活用した観光まちづくり推進事業」

公募要領は周辺環境整備の対象例として「トイレ、駐車場、柵等」を挙げています。補助率1/2以内・1事業あたり上限2億円。2026年度の公募は3月12日〜4月22日で終了しています。

ただしバイオトイレ単体を設置する事業ではありません。 観光体験施設などと一体の整備が前提です。

農林水産省「農山漁村振興交付金」

農福連携型などで「トイレ（固定式）」が対象設備例に挙がっています。ただしバイオトイレ・コンポストトイレを明示した2026年度の専用制度は確認できませんでした。 事業全体の中で対象になり得る可能性はありますが、単体導入の可否は不明です。地方農政局への事前確認が必要です。

終了した制度を「使える」と書いている情報に注意してください。

「ポストコロナを見据えた受入環境整備促進事業」には、過去に「バイオトイレ等の購入・設置」という明記がありました。しかしこれは旧年度の制度であり、2026年度の現行制度ではありません。 制度名を見つけたら、必ず所管省庁の公式ページで現在も募集しているかを確認してください。

自治体の制度は「全国一律」ではありません

都道府県ごとに制度がある、という前提で探さないでください。 補助制度は目的（観光振興、山岳環境保全、森林サービス産業の育成など）に紐づいて設けられており、バイオトイレという設備名で全国に用意されているわけではありません。

実在する制度の例を3つ挙げます。これは「こういう形で存在する」という例示であり、他県に同様の制度があることを意味しません。

スクロールできます

自治体	制度名	対象
山梨県	富士の国やまなし観光振興施設整備等補助金	公衆トイレ、環境配慮型山小屋トイレなど（2026年度の要望期限は2025年9月30日で終了）
長野県	ふるさと信州寄付金等活用山岳環境保全事業	トイレ関連は市町村が行う「し尿処理に関する施設の整備（携帯トイレブース等）」が対象（補助率は材料費・工事請負費の45/100以内）。山小屋関係団体向けの対象は登山道・付帯施設・高山植物保護の施設で、トイレは含まれない
岐阜県	令和8年度森林サービス産業等環境整備支援事業費補助金	トイレ・手洗場の新設または改修等（バイオトイレの明記はなく、採否は要照会）

いずれも公式ページで要綱を確認できます。お住まいの自治体に同種の制度があるかは、「バイオトイレ」ではなく「観光施設整備」「山岳環境保全」「森林」といった事業目的の言葉で探すと見つかりやすくなります。

申請前に確認しておきたいこと

補助制度は、機種を決めてから探すと間に合わないことがあります。

STEP

交付決定の前に発注していないか

多くの制度は、交付決定より前に契約・発注した費用を対象外とします。先に発注すると補助を受けられません。

STEP

設置そのものが可能か

下水道の処理区域内では、建築基準法第31条により便所を水洗便所以外にできません。 > 処理区域内においては、便所は、水洗便所以外の便所としてはならない。非放流式のバイオトイレを恒久的に設置する場合、建築確認の部局と事前に協議してください。放流の有無や構造によって、浄化槽法の扱いも変わり得ます。下水のない現場での具体的な進め方はバイオトイレ設置の条件・手順の解説を参照してください。

STEP

残渣の処理方法を決めてあるか

廃棄物処理法は廃棄物に「汚泥」「ふん尿」を含みます。「微生物で処理済み」というだけで廃棄物ではなくなるわけではありません。 交換したおがくずや分離した尿の搬出方法を、市町村の廃棄物担当課に確認してください。

STEP

残渣を肥料にするなら別の確認が要る

肥料として流通させる場合、肥料法（肥料の品質の確保等に関する法律）上の登録や公定規格への適合が必要になり得ます。農林水産省は、肥料利用を名目に汚泥を農地へ堆積する行為について不法投棄のおそれを注意喚起しています。

導入費用の目安（メーカーが公表している価格）

補助制度を検討する前提として、本体価格の水準を挙げます。2026年8月14日時点でメーカーが公式に公表している価格のみを掲載します。

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メーカー	機種	処理能力	公表価格
ミカサ（バイオミカレット）	BM30-I	40回／日	3,430,000円（税別）／レンタル月額 82,000円
ミカサ（バイオミカレット）	BM25-I	30回／日	3,540,000円（税別）
ミカサ（バイオミカレット）	BM60-II	70回／日	5,260,000円（税別）
大央電設工業（バイオR21）	M型	50回／日	1,958,000円（税込）
大央電設工業（バイオR21）	L型	100回／日	2,178,000円（税込）
コトヒラ工業	—	—	非公表（取扱店紹介方式）

運搬費・基礎工事・電気工事・クレーン費などは別途になる場合があります。

電気代について、大央電設工業は自社機種の電気料金を月額約3,000〜6,000円（M型〜L型）と公表しています。汲み取り費用との比較を含めた試算は、当社が運営するバイオトイレの電気代の解説にまとめています。ミカサは最大消費電力700Wと表示していますが、これは「最大」であり、月間の消費電力量は公表されていません。 700Wが24時間流れ続けるという意味ではない点にご注意ください。

よくある質問

バイオトイレを買うと国から補助金がもらえますか？: 国土交通省の「快適トイレ」は補助金ではなく、直轄工事の設計変更時に費用を計上できる仕組みです。環境省の山岳環境保全対策支援事業のように対象を限った制度は存在しますが、設備名で全国共通に用意されているわけではないため、事業の目的から探すことになります。
快適トイレでいくら計上できますか？: 2026年4月1日以降に入札契約手続きを開始する工事では、上限57,000円／基・月です。実際の計上額は「実費から従来品相当10,000円を引いた額」と57,000円を比べて安いほうになります。2026年3月以前は51,000円／基・月でしたので、古い資料の金額と取り違えないようご注意ください。
快適トイレは何台まで計上できますか？: 令和8年度の改定で上限基数が撤廃されました。設置基数は現場ごとに必要性を協議して決定します。以前は「男女別で1台ずつ計2台まで」という上限がありました。ハウス型等の場合は、入口が別になっていれば入口ごとに57,000円／基・月まで計上できます。
バイオトイレなら自動的に快適トイレとして認められますか？: いいえ。必須11項目をすべて満たす必要があります。必須仕様には「水洗及び簡易水洗機能（し尿処理装置付き含む）」が含まれるためバイオトイレも対象になり得ますが、備えていない項目があると快適トイレとして扱われません。導入予定の機種が11項目を満たすか、メーカーに仕様書で確認してください。
自分の都道府県にバイオトイレの補助金はありますか？: 自治体の制度は全国一律ではありません。バイオトイレという設備名ではなく、「観光施設整備」「山岳環境保全」「森林サービス産業」といった事業目的で設けられていることが多く、対象地域や対象者も限定されます。お住まいの自治体の公式サイトで、これらの目的の補助制度を探し、対象設備にトイレが含まれるかを確認してください。

本記事は制度と費用計上に絞って整理しました。機種ごとの違いや実際の導入現場、メンテナンスの実務については、当社が運営する専門メディアバイオトイレナビの補助金解説に、現場目線の情報をまとめています。

参考・引用元

参照した一次情報の一覧を開く

国土交通省（快適トイレ）

国の補助制度

自治体の制度

法令

技術・環境省の実証

メーカー公式

筆者・監修者

株式会社ビズファンは、2017年９月1日に東京都港区で設立されました。広告代理事業やメディアマネタイズ支援、IoT事業、ビジネスインキュベーション、フィットネス事業など幅広い分野で事業を展開しています。SDGs推進にも積極的に取り組んでおり様々な自治体にSDGsパートナーとして認定されている。さらに、様々な環境保全活動にも賛同し、参加している。

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